يشجع صندوق حماية البيئة، المشروعات التي تتبنى أساليب الإنتاج صديقة الطبيعة، بالإضافة إلى المشاركة في التمويل والدعم مع جهات دعم أخرى، وتشجيع الاستثمار في القطاع البيئي بمصر، لدعم السياسات البيئية والاجتماعية والاقتصادية من أجل تحقيق التنمية المستدامة.

ووفقا لتقرير وزارة البيئة، هناك عدد من الأولويات الهامة التي يتبناها صندوق حماية البيئة، وجاءت كالتالي: 

التخلص من المخلفات الصلبة

تشمل أولويات صندوق حماية البيئة، المبادرات الهادفة إلى التخلص من المخلفات الصلبة، وإعادة تدويرها، خاصة في المناطق السكنية المزدحمة والمناطق الصناعية.

حماية الطبيعة

يشجع صندوق حماية البيئة، المشروعات الهادفة لحماية التنوع الطبيعي بما فيها المحميات الطبيعية ودعم المشروعات، مثل الحفاظ على المحميات الطبيعية، وتشجيع القطاع الخاص في مجال الخدمات السياحية والسياحة البيئية وصيانة وتشغيل مراسي السفن والمراسي المعدة لاستقبال الصرف الصحي.

التغيرات المناخية والطاقة المتجددة

- حماية المواطنين من الآثار الصحية السلبية لتغير المناخ.

- تطوير تقنيات جديدة لاستيعاب استخدام مصادر الطاقة المتجددة.

- زيادة اسـتخدام الطاقة المتجددة لتوليد الكهرباء في المنشآت الصناعية وتطبيقـات الطاقة الشمسية الحرارية.

- التركيز على إمكانية اسـتخدام بدائل وقود قليلة الانبعاثات الكربونية.

- توافر البدائل التي تحقق انبعاثات أقل من غازات الاحتباس الحراري مثل الغاز الطبيعي.

إدارة المخلفات الخطرة

- يعمل الصندوق على حماية البيئة عبر المبادرات الهادفة إلى التخلص الآمن من المخلفات الطبية الخطرة، خاصة في المنشآت الطبية.

- دعم منظومة التخلص من المخلفات الطبية والتى تتكون من مراحل: «الفصل، النقل، الحرق أو التعقيم، الدفن».

- دعم المشروعات الهادفة إلى التخلص من المواد السامة مثل «الزئبق أو المبيدات المهجورة».